Naujosios Vilnios poliklinika įgyvendina du projektus:
1. 
2009m. rugpjūčio 31d.VšĮ Naujosios Vilnios poliklinika, viešoji įstaiga Centrinė projektų valdymo agentūra ir Lietuvos Respublikos Sveikatos apsaugos ministerija pasirašė projekto „VšĮ Naujosios Vilnios poliklinikos ambulatorinių antrinio lygio paslaugų infrastruktūros gerinimas“ finansavimo ir administravimo sutartį.
2. 2009m. rugsėjo 9 d. VšĮ Naujosios Vilnios poliklinika, Lietuvos gydytojų vadovų sąjunga ir dar 10 gydymo įstaigų partnerių pasirašė Jungtinės veiklos sutartį „Sveikatos priežiūros įstaigų veiklos ir teikiamų paslaugų kokybės gerinimas keliant darbuotojų kvalifikaciją“.
